自分のところのサイトトップとか滅多に開かないのでいつから発生していたのか不明ですが、なぜかサイトトップだけ「Welcome to nginx!」というnginxのデフォルトページが表示される状態になっていたようです。
トップページとかかれこれ数ヶ月は触ってないし、nginxの設定ファイルもそれに近しいくらい変更していないしで、いきなり手詰まり（汗。
唯一怪しいのは数日前にnginxのバージョンアップをしたことですが、それにしたってCGIが動かなくなるとかならまだ理解できるものの、トップページだけおかしくなるというのはちょっと考えにくいよなぁ、という訳で念のためnginxを再起動させてみたところあっさり復旧。
うーん、あれは一体何だったのだろうか・・・？